可惜的是承祜并没有如众人所愿的那样很快康复，他的病症越来越严重，最后转成了肺炎。而在那个时代，肺炎对于幼儿来说，几乎是不治之症。承祜勉强撑了一个多月，终于抵受不住。孩子离世的那一天，皇后悲痛万分，守着儿子的小小的尸身不言不语，也不哀哭，像失去了知觉一样呆呆的坐着。康熙从殿外进来，见皇后神情恍惚，心里也是一痛，安慰她道：“筠儿，孩子已经去了。你何苦苦了自己！”皇后仍是不语，凝眸看着康熙，眼中泫然有泪。康熙伸手按在她肩上，道：“想哭就哭吧！别憋在心里！”他的语音中也带着哭腔。皇后终于克制不住，伏在康熙胸前泪如泉涌，哀哭不止。康熙想起爱子，也忍不住抽泣。
康熙惟恐皇后经受不住丧子之痛的打击，特意将她的堂姐桓若接进宫来宽慰她。桓若见皇后面容忧郁憔悴，劝慰道：“娘娘，逝者已矣。保重自己身子要紧。”皇后哀道：“姐姐，你不知道，孩子是我的心头ròu。一想到他死了，我的心就像被把钝刀割那么痛，那么痛——”桓若道：“都是有孩子的人，我怎么会不明白。只是妹妹，你的身份不一样啊！你是皇后，有些事情，就是要比别人更能承受。这宫里到处是眼睛，人人有张嘴，难保没有人要看你的笑话。”皇后强忍悲伤道：“想起端敬皇后当年，也是和我目前的处境差不多。以前和她住在承乾宫里，常常听到她半夜哀哭，不能理解为何她独得先皇万般宠爱，却还是人前欢笑人后伤心。如今，我终于明白她了。”桓若道：“妹妹不要这么想，你的贤德和人缘有口皆碑，上天不会辜负你。端敬皇后红颜薄命，是她的造化如此，比不得妹妹鸿福齐天。”皇后叹了口气，提不起任何心思。
康熙十二年二月，平南王尚可喜上疏请求归老辽东，由其子尚之信带领家人官兵继续镇守广东。康熙在朝堂上与众臣商议此事。索额图道：“平南王体贴上意，很识大体，皇上要是准了他的要求，让他告老归乡，则可以削弱三藩势力。”康熙点点头，问左都御史明珠道：“明珠，你有什么看法？”明珠道：“臣以为广东已经底定，何必让他们父子分离，不如叫他们一齐撤离到辽东。”明珠此言甚合康熙心意，他当即下旨同意尚可喜归乡。到了五月里，准尚可喜全藩撤离的诏书下达广州，尚可喜恭顺拜命称谢。
广东尚可喜撤藩，对吴、耿二藩震动很大。己承袭靖南王王位的耿精忠立刻传书给弟弟耿聚忠商议对策。耿聚忠深知康熙心意，回信给兄长，建议他在朝廷下旨撤藩前自请撤藩，才不会处于被动的地位。耿精忠又与吴三桂密议，决定先由耿精忠上书申请撤藩，试探朝廷的反应。七月里，耿精忠自请撤藩的奏折摆到了康熙的御案上。
康熙将耿聚忠召到御书房，把折子给他看，道：“这是你大哥的折子，相信你应该知道其中的内容。”耿聚忠道：“微臣曾向家兄提过建议，希望他自请撤藩。”康熙淡然一笑，道：“可朕能感觉到，他是在试探朕。撤藩，他未必甘心！你呢，有什么想法？”耿聚忠道：“三藩所耗巨大，迟早要撤。臣唯一的心愿就是家人平安，不起祸端。”康熙思忖道：“只怕这一仗非打不可呢！到时候，无论你站在哪边，朕都不会怪你。”耿聚忠闻言心里一凛，心知康熙必定会撤藩，而且将不惜一切代价，不禁为此忧心忡忡。
果然，第二天在议政会上，在康熙的示意下，大臣们都同意撤耿藩，只有索额图没有表态。康熙把事情告诉太皇太后，太皇太后皱眉不语，半晌才道：“玄烨呀，我总觉得这事情有些不对劲。你是不是cao之过急了？”康熙道：“他们想试探我，我就将计就计。看看他们的反应，您瞧着吧，这只是第一炮，很快吴三桂那一炮就轰过来了。您不是也说过，‘三藩之祸甚剧，不可不撤’。”太皇太后道：“撤当然要撤，只是时候未必合适。”康熙道：“就是打，孙儿也不怕。孙儿早已部署了两三年，派东亭和曹寅去江南富庶之地为官，就是为朝廷筹集粮饷。”
这是一个多事之秋，继耿精忠自请撤藩之后，吴三桂终于也在九月里递上了申请撤藩的奏折。和上次不同，这一次，众臣工对撤不撤吴藩意见极不统一，发生了激烈的争论。明珠等人同意将吴三桂及官兵家属迁移到山海关外安cha。而索额图则提出反对意见，道：“要是让吴三桂举藩撤离，朝廷将不得不派兵镇守，往返苦累，得不偿失啊！”明珠反驳道：“索大人此言差异，吴三桂等人蓄谋已久，不早除之，将养虎为患。”索额图道：“要是吴三桂因此谋反，谁能担待的起？”明珠道：“依目前形势而言，撤之亦反，不撤亦反。不如先发制人！”康熙点点头，道：“明珠的话不无道理。”索额图知道康熙属意撤藩，但他对此心存疑虑，直言道：“皇上，吴三桂据守云贵多年，兵多将广。若是他联合其余二藩共同谋反，依朝廷目前的实力，只怕不能与之对抗。”刑部尚书莫洛道：“索大人怎可说此长他人志气，灭自己威风的话。三藩如今已是朝廷的心腹大患，咱们八旗的将士骁勇善战，师出有名，何必怕他！”索额图还要分辨，康熙道：“众卿的意见，朕已经知道。三藩并撤，朕心意已定，不用再议了。”他起身而去，梁九功赶忙宣布退朝。