此后，自走私商金子老携西洋（此处的西洋是指东南亚）海商在宁波外海的双屿港一带开始走私贸易后，双屿港逐渐成为明、朝、倭三地最大的走私贸易港，其中实力最为强大，掌握话事权的是福建商人李光头与徽州商人许栋四兄弟。汪直加入同乡的许栋集团，担任掌柜，诱弗朗基夷，往来浙海，泊双屿港，私通贸易。
嘉靖二十七年，双屿港的走私商和海盗被明朝总督朱纨率领军队剿灭。后李光头等人在福建被擒杀，许栋逃到广东后不再返回浙江沿海。汪直便自立为船主，以金塘岛马迹山为据点，收拢海商、海盗残部。
嘉靖三十年，汪直与官军配合，消灭了海盗卢七、沈九，吞并了在浙江活动的福建海盗首领陈思盼。
嘉靖三十一年，汪直移巢烈港，在浙江海道副使的默许下，汪直得到了一段时间的贸易自由，同时和官府中人交游甚密，逐渐确立了自己“海上霸主”地位，并试图在舟山沥港重建双屿港的繁华。汪直部下分为几大船团，代表性的船团长有浙江人毛海峰、徐元亮，徽州人徐惟学、福建人叶宗满。汪直的部下甚至可以堂堂正正的在苏州、杭州等地的大街上与百姓进行买卖，百姓则争相把子女送到汪直的船队中。
最开始，汪直一直对朝廷抱有极大的期望，在地方官员默许“私市”的暗示下，他主动配合官府，十分卖力，平定了陈思盼等多股烧杀掠夺的海盗，维持沿海秩序，逐渐确立了自己“海上霸主”地位，并试图在舟山沥港重建双屿港的繁华。然而福建的萧显、邓文俊、林碧川、沈门，广东的何亚八等，以及一部分汪直的部下，如徐海，引导倭寇袭击内地。是年五月，汪直受明海道副使李文进邀请，和明军把总张四维击破一股倭寇，俘获倭寇海船两艘，然后就带领人马在定海主持开市。七月，因为汪直无法剿灭海盗，又无法约束自己的部下，汪直反而被认为主使和策划了这些“入寇”事件。
于是明廷背信弃义，嘉靖三十二年闰三月一个深夜，总督王忬派遣总兵俞大猷率官军偷袭沥港围歼汪直。汪直败走倭国。双屿港与沥港的相继覆灭，让浙江的海上贸易网遭受重创。自此，浙江沿海再无和平经营之海商的容身之地。
汪直在沿海活动的最后目的，是“要挟官府，开港通市”。这八个字的含义十分清楚，要求官府放弃不合时宜的海禁政策，使海上贸易合法化。汪直在离开大明沿海后，自称徽王。
嘉靖三十三年四月，胡宗宪受命出任浙江巡按监察御史，官至兵部左侍郎兼都察院左佥都御史，总督南直隶、浙、福等处军务，负责东南沿海的抗倭重任。为招降汪直，胡宗宪先将汪直的老母妻儿放出监狱，优裕供养，后遗使蒋洲和陈可愿至日本与汪直养子王滶交涉，遂见汪直，晓以理，动以情。当得知亲人无恙，他不禁喜极而泣，并向来使诉苦：“我本非为乱，因俞总兵图我，拘我家属，遂绝归路。”而对于通商互市的承诺，他更加无法抗拒。汪直表示愿意听从命令。汪直将蒋洲留在日本，为表示诚意，他命毛海峰护送陈可愿回国面见胡宗宪，具体商量招抚和通商互市事谊。胡宗宪厚抚毛海峰，使汪直消除了疑虑。
嘉靖三十六年，蒋洲在汪直的帮助下，和倭国山口、丰后二国的国主源义长、源义镇都达成了协议，倭国归还被掠人口，并备方物入贡。胡宗宪以此事上奏朝廷，得到了支持，圣旨诏胡宗宪厚赉其使，使之还。十月，汪直终于率领部分人马和贸易船队，前往浙江，倭国方面则派出了使者善妙等人，以及蒋洲一同从五岛出发，搭乘汪直船队前来通贡互市，最后到达浙江岑港。但是途中遭遇台风，蒋洲的船只先行到达，遭到官方的怀疑，因此蒋洲遭到逮捕。
稍候到达的汪直等船队得知这一消息后在舟山停滞不前，被明军水师团团包围，在胡宗宪慰劝下，汪直亲自来到定海关，向其投降。
胡宗宪慰劝汪直至杭州谒巡按王本固，嘉靖三十七年二月五日他在杭州西湖游玩期间被王本固诱捕，下狱时亦连声追问：“吾何罪？吾何罪？”还写下了《自明疏》，他首先说明：“窃臣汪直觅利商海，卖货浙、福，与人同利，为国扞边，绝无勾引党贼侵扰事、情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”接着他向朝廷报告倭国的情况：“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”最后他向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”