李时珍最后叮嘱孟子修，待身子调理好了，最好能经常活动经络，有助于他强壮身体。如果他愿意，就去同济堂，老大夫得空会带着他打一套五禽戏，行气导引，十分有用。老大夫还说，近半年内他暂不打算离开南京。
孟子修没有想到自己一来南京就遇见了贵人，也许是时来运转，孟家遭受了太多的苦难，连老天爷都看不过去了。如果他的身子能好转，那他就能做更多的事了，自幼体弱的他深知身体才是一切的根基。
于是在南京的第一年，他将自己绝大部分的精力都放在了调养身体之上，专心遵从李时珍的指导进行药物调理、食补和锻炼，一年之后，身体确实大为好转。他在写给京中家里的信有提到自己的身体好了很多，但他估计妹妹们如果不亲眼见到他当下的状态，是不会相信信中所言的，权当是他出门在外报平安。
当然，血海深仇他不可能忘却，调养身体的同时，他也切实地展开了调查。在离京之前，他已经对父兄之死做过简单的调查，前前后后存在三个有疑点的人，他都一一记了下来。首先是唯一知晓父亲将李穗儿从诏狱中劫出的人——管狱所的副千户褚一道。其次是悬梁自尽的黎老三黎许鸣，有必要调查他本人和他接触过的所有人。最后则是李穗儿，这个姑娘也是有嫌疑的。
管狱所的褚一道他眼下查不了，这件事他已经和阿晴商量过了，交给阿晴来查。而穗儿身份实在太过神秘，他一时之间也无法寻找到切入点去查她，只能暂时搁置。黎老三以及与其接触过的人，是他目前最主要的调查方向。
离京前，他已经从黎老三家中附近的信客，还有邻居，包括黎老三的几个关系非常好的酒友口中掌握了一定的情报。
据信客说，黎老三从万历十年时就开始与南京的某个人书信往来，二人交流十分密切，信客说他几乎每月都要将南京来信送与黎老三，但信封之外并无落款，他也不知道写信人是谁。两人传递的信都很厚，包得也很严实，里面似乎写了很多内容，神神秘秘的感觉。由于是私人信件，黎老三从不走官方的传讯途径，就让民间的信客送，那段时间信客能从他手中捞到不少好处费。
邻居则告诉孟子修，黎老三往日里都是一身锦衣卫制服，管狱所和家里两头跑，生活很规律。但自从万历十年开始，他时常不去管狱所，反倒便装出门，不知去哪儿，有时还会出远门，好些日子才会回来。
这一点也从黎老三的酒友口中得到了证实，黎老三确实时常便装出门，有个酒友提到，有一回他在京中潞王府外瞧见了黎老三，一身便服，坐在王府外的小摊边上，似乎在监视着什么。另一个酒友则说，某回他和黎老三饮酒，黎老三与他提及不日要出一趟远门，在他的一再追问下，他才告诉酒友，说是要去一趟湖广衡州，之后他确实出去了很久才归来。
这几条线索，暂时只有孟子修知晓，他也没有告诉妹妹孟晴。主要是他害怕孟晴在京中胡乱去查，惹出事端，毕竟她眼下处在身不由己的境地之中，自己不在她身边，没有人看着她劝着她，就怕她一头脑热把事情办坏了。他还是希望自己先把事实都查清楚，再转告给妹妹们。
根据这几条线索，孟子修基本上能得出这样的推测：黎老三与南京的某个人通过某种渠道取得了联系，他或许受到了委托，委托人很有可能就是南京这位与他联系的人。而他的调查内容显然是当今圣上的亲弟弟——潞王。这一点，可以从他监视潞王府和去湖广衡州两点得到证明，因为湖广衡州是潞王的封地，万历十年，恰恰是潞王尚未前往封地之前，彼时衡州正在修建潞王府。
他离京，首站就选在南京，并不仅仅是因为赵氏粮行在南京有一定的产业，可以照看于他，也是因为这一条直指南京的线索成为了他调查父兄之死的切入点。
孟子修抵达南京约一个月后，身体调养得差不多，也逐渐适应了江南的气候，便开始着手循着这条线索展开了调查。因为调查范围实在太广了，他必须寻找合适的着眼点。首先锁定的就是南京官场之上的官员，尤其是万历十年时在南京任官的官员，要获得名单并不算很容易，但于他来说也不是难事。据消息灵通的赵氏粮行伙计说，南京这边有个很有名的国子监博士，名叫臧懋循，对官场的事儿门清，尤其好清谈国事。自万历十年到任以来，最喜欢出没于皮市街的广陵茶肆，聚集一群学子、文人，闲聊官场事，这个伙计偶尔没事也会去听听，跟说书似的，很有意思。